A Gestão Financeira da FBDS segue uma sistemática que requer múltiplas instâncias de aprovação para assegurar a transparência e correção dos procedimentos de aquisição de bens e serviços, gestão de fluxo de caixa e aplicação de recursos financeiros.
No caso de aquisição de bens e serviços são respeitados os procedimentos estabelecidos pelo Regulamento de Compras e Contratações da FBDS.
A administração do fluxo de caixa e aplicação de eventuais saldos de recursos é realizada pelo Gerente Financeiro da Fundação e submetido à aprovação do Diretor Executivo. O perfil de risco de tais aplicações é estabelecido em conjunto pela Diretoria da FBDS e seu Conselho Curador, privilegiando sempre opções conservadoras.
Todos os pagamentos relativos a qualquer projeto requerem a aprovação inicial do Diretor responsável pelo projeto em conjunto com o Gerente Financeiro, sendo a aprovação final realizada pelo Diretor Executivo.
O software financeiro adotado é o Nibo - Controle Financeiro e Software de Gestão Empresarial, que tem atendido perfeitamente as necessidades da FBDS.
A contabilidade é realizada por centros de custo e encontra-se sob a responsabilidade de uma empresa contábil externa, reconhecida por sua ampla experiência e excelente reputação no mercado.
Todos os projetos são controlados através de centro de custos específicos, com uma conta corrente exclusiva para cada projeto.